المياة الجوفية هي مصدر المياة الاول في فلسطين

المياه الجوفية هي المورد الرئيسي للمياه في فلسطين، فعلى الرغم من أن الأمطار هي المصدر الأول للمياه، إلا أن معدلات سقوط الأمطار في فصل الشتاء تتذبذب من سنة إلى أخرى، كما أن قلة الشهور الماطرة يجعل من المياه الجوفية المورد الرئيسي للمياه, والمقصود بالمياه الجوفية؛ مياه الأمطار المتسربة إلى باطن الأرض عبر التكوينات الجيولوجية القابلة للنفاذ.

ويستغل الإنسان هذه المياه، إما عن طريق الآبار الارتوازية، أو عن طريق الينابيع التي تنبثق من باطن الأرض. وتقدر نسبة مياه الأمطار المتسربة إلى باطن الأرض بحوالي 48-49% من كمية الأمطار الساقطة على فلسطين. كما قدرت كمية المياه العذبة الصالحة للاستعمال والقابلة للتجديد بنحو 950-1000 مليون متر مكعب، وهذا يعادل ما بين 55-57% من إجمالي كمية المياه العذبة المتوفرة في فلسطين.

إن أكبر خزانات مائية جوفية في فلسطين هي الطبقات التي تعود إلى فترتي السينومائي والتوروني (العصر الكريتاسي الأوسط) ويتراوح سمك طبقات هذه التكوينات ما بين 700-800م، وتغطي حوالي 32% من مساحة فلسطين، ويقع معظمها في النصف الشمالي من البلاد. ولم تستثمر مياه هذه الطبقات في الماضي ولكن زاد استغلالها بعد تزايد عدد المستوطنات الإسرائيلية والإفراط في استخدام المياه في الزراعة. 

والطبقة الثانية الهامة هي طبقة الصخور البليوسينية- البلابستوسينية (الثلاثية-الرباعية). والمكشوف من هذه الطبقات هي الرباعية السائدة في جميع الأراضي السهلية الساحلية والبقاع المنخفضة على امتداد الشريط السهلي الغربي للبلاد حتى النقب الشمالي الغربي وحوض بئر السبع في الجنوب، وقد استغل الإنسان مياه هذه الطبقة منذ القدم بآلات بسيطة، وتقدر كمية المياه المستخرجة من هذه الطبقة بـ 65-70% من مجموع مصادر المياه الجوفية المستخدمة والمستهلكة والمقدر بحوالي 1000 مليون متر مكعب، ويقترب عمق هذه الطبقة ليصل ما بين 4-15 متراً، وتتعرض مياه هذه الطبقة لعملية ضخ واسعة واستنزاف مفرط من جانب إسرائيل ومستوطناتها.